Entlang der Schweizer Grenze sind verschiedene Organismen für die regionale grenzüberschreitende Zusammenarbeit entstanden. Grenzüberschreitende Organismen wurden für die folgenden Regionen geschaffen:

• Oberrhein
• Bodensee
• Graubünden
• Tessin
• Wallis
• Genferseeregion 
• Jurabogen

Der Bund ist in den Organisationen meist als Beobachter oder ständiger Gast durch das Eidgenössische Departement für auswärtige Angelegenheiten (EDA) vertreten. Behandelt werden in erster Linie Themen aus den Zuständigkeitsbereichen der Kantone wie Verkehr, Umweltschutz, Infrastruktur und Katastrophenhilfe.

Für manche Bereiche der Zusammenarbeit über die politische Grenze hinweg sind Abkommen zwischen der Schweiz und den Nachbarländern notwendig. Diese Abkommen führten zur Bildung zwischenstaatlicher Regierungskommissionen. Bei den gemischten Regierungskommissionen existieren 2 Kategorien:

• Konsultativkommissionen: Sie basieren auf zwischenstaatlichen Abkommen und regeln generell regionale und nachbarschaftliche Fragen einer Grenzregion. Im Vordergrund steht der Informationsaustausch und die Formulierung von Empfehlungen zuhanden der Landesregierungen. Die gemischten Kommissionen haben keine Entscheidungskompetenzen. Heute existieren 2 Konsultativkommissionen für die Grossräume Genf und Basel. Das EDA führt das Sekretariat.
  
• Spezialkommissionen: Sie basieren auf bilateralen Verträgen und behandeln spezifische und klar eingegrenzte Themen. Treffen finden gelegentlich und nach Bedarf statt. Das EDA ist in einigen der rund 40 Kommissionen Mitglied.