Die Abkommen zwischen Staaten zur grenzüberschreitenden Zusammenarbeit sehen oft eine gemischte Regierungskommission vor, um Informationen auszutauschen und Empfehlungen für die nationalen Behörden zu erarbeiten. Damit sind die Regionalbehörden in der Lage, ihre gemeinsame Position bei ihren nationalen Behörden vorzubringen und ihr Geltung zu verschaffen.

Es existieren 2 Kategorien von gemischten Regierungskommissionen:

- Konsultativkommissionen: Sie regeln generell regionale und nachbarschaftliche Fragen einer Grenzregion. Im Vordergrund stehen der Informationsaustausch und die Formulierung von Empfehlungen zuhanden der Landesregierungen.

- Spezialkommissionen: Sie behandeln spezifische und klar eingegrenzte Themen.

Auf zwischenstaatlicher Ebene wurden bisher 2 themenübergreifende Konsultativkommissionen geschaffen:

• Gemischte Konsultativkommission für die Nachbarschaftsprobleme zwischen dem Kanton Genf und den Departementen Ain und Haute-Savoie
  
• Deutsch-französisch-schweizerischen Regierungskommission zur Förderung der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit am Oberrhein

Die beiden Pole Basel und Genf spielten für die grenzüberschreitende Zusammenarbeit in den Regionen eine Pionierrolle. Sie zeigten auf, dass sich diese Zusammenarbeit den spezifischen Bedingungen und Bedürfnissen jeder Region anpassen muss. In Basel ging der Ansporn zur Gestaltung von Zusammenarbeitsstrukturen von der Privatwirtschaft aus. In Genf hatten in erster Linie die Behörden das Bedürfnis nach verstärkter Koordination über die Grenze hinweg. In Basel wie Genf führten die regionalen Anstrengungen zur Einsetzung dieser gemischten Regierungskommissionen.

Besonders nützlich und erfolgreich erweist sich die grenzüberschreitende Zusammenarbeit für die Behandlung konkreter Aufgaben. Beispiele sind der kulturelle Austausch, Tarifverbände im öffentlichen Verkehr, der Umweltschutz, insbesondere Gewässerschutz, oder die Raumplanung. Heute existieren rund 40 dieser spezialisierten Regierungskommissionen. Ihr Tätigkeitsfeld ist meist klar eingegrenzt, sie kommen nach Bedarf zusammen und ihre Kompetenzen sind in bilateralen Abkommen geregelt.