Die Beziehungen der Schweiz zur Mongolei gehen auf die zweite Hälfte der 1950er Jahre zurück. Damals nahm die Zürcher Firma Debrunner Handelsbeziehungen mit der Volksrepublik Mongolei auf. Die Schweiz war der erste nicht-sozialistische Handelspartner der Mongolei. Offiziell anerkannte sie die Demokratische Republik Mongolei am 20.05.1964. Bis zum Ende der sozialistischen Ära blieb der Austausch zwischen Bern und Ulaanbaatar indessen bescheiden.

Seit der Demokratisierung der Mongolei ab 1990 intensivierten sich die Beziehungen. Die Schweiz bot angesichts der extrem harten Winterzeiten Ende der 1990er-Jahre humanitäre Hilfe an, die ab 2002 zur Entwicklungszusammenarbeit wurde. 2004 eröffnete die Direktion für Entwicklung und Zusammenarbeit (Deza) in Ulaanbaatar ein Koordinationsbüro. Der wirtschaftliche Austausch ist weiterhin bescheiden, auch wenn die Zahl der Schweizer Touristen ansteigt.